Question posée par Robert, le 12 décembre 2021.
Bonjour,
Gabriel Attal était interrogé mardi matin sur la progression du variant omicron en France. «On est à un peu plus de 130 cas, je crois, 133 cas qui ont été détectés. On séquence beaucoup, on crible l’essentiel des cas positifs qui sont détectés en France. On fait plus de 10 000 séquençages par semaine, ce qui nous permet d’identifier assez largement les cas sur notre sol», a détaillé le porte-parole du gouvernement.
Ce chiffre, qui provient de Santé publique France (SPF), a évolué depuis. Au 13 décembre, le nombre de cas omicron est passé à 170. Alors que le Royaume-Uni a enregistré lundi son premier mort dû à omicron, SPF explique ne pas détenir de plus amples informations sur le statut et l’état de santé des patients contaminés par ce variant.
«Un peu de temps»
Afin de surveiller la circulation des variants en France, des tests complémentaires de criblage sont effectués sur une partie des échantillons positifs au Sars-Cov-2. Jusqu’au mois de mai, ces tests visaient à repérer des suspicions de variants déjà connus. «Cette stratégie de criblage ciblant les VOC [variants of concern, «variants préoccupant», ndlr] alpha, beta et gamma n’est plus adaptée à la diversité croissante des variants émergents du Sars-Cov-2», explique Santé publique France dans une note méthodologique. Depuis le mois de juin, la stratégie a évolué et les PCR de criblage ciblent désormais certaines mutations du virus (L452R, E484K et E484Q) sélectionnées car «elles sont potentiellement liées à un échappement immunitaire et /ou à une augmentation de transmissibilité et sont retrouvées dans la majorité des VOC à ce jour», commente SPF. Environ 27 % des résultats positifs étaient ainsi analysés au 10 décembre.
Problème : le variant omicron ne porte pas les mutations visées actuellement par le criblage (même s’il en présente beaucoup d’autres). «Aujourd’hui, il n’existe pas de solution spécifique permettant de caractériser la présence du variant omicron par RT-PCR. Les autorités sanitaires étudient en ce moment un schéma de criblage qui permettrait à partir d’une combinaison de trois mutations de filtrer parmi les échantillons positifs les cas suspects d’omicron», explique le groupe de laboratoires Eurofins Biomnis, l’un des principaux acteurs du secteur, à CheckNews. «Il faut que l’on puisse avoir un criblage et cela demande un peu de temps. Dans le même temps on a toujours du delta, donc il faudra choisir les bonnes mutations», observe Lionel Barrand, président du Syndicat des biologistes médicaux pour qui cette technique est «le meilleur moyen de détecter rapidement le variant omicron».
Goutte d’eau
En attendant, «comme ce variant ne possède aucune mutation d’intérêt recherchée actuellement par criblage (L452R, E484K /Q), un résultat de criblage négatif pour ces trois mutations recherchées peut suggérer sa présence mais n’est pas spécifique», explique le groupe. Pour adapter la stratégie de dépistage à l’arrivée d’omicron, en France, la Direction générale de la santé a donné de nouvelles consignes en ce sens, le 2 décembre, dans une note urgente à destination des professionnels de santé. Ainsi, un résultat de PCR de criblage négatif aux trois mutations actuellement recherchées est considéré comme un «cas possible» de variant omicron et doit donc «faire l’objet sans délai d’un séquençage interventionnel, seul à même d’apporter une confirmation diagnostique», peut-on lire.
L’analyse du génome du virus − le séquençage − est en effet l’unique technique permettant d’identifier officiellement un variant. La France, longtemps en retard sur le sujet, a créé en janvier le consortium Emergen, coordonné par Santé publique France et l’Agence nationale de recherches sur le sida et les hépatites virales (ANRS), «pour renforcer les capacités françaises de surveillance génomique et de recherche sur les variants du Sars-Cov-2».
D’après les derniers chiffres disponibles, portant sur la semaine du 29 novembre au 5 décembre, 9 490 séquences ont été produites. A noter qu’un délai de plusieurs jours existe entre le moment du test PCR, du séquençage et des résultats. Une goutte d’eau comparée au nombre des cas repérés à cette période. Le nombre de 170 cas positifs repéré par séquençage au 13 décembre «est une information parcellaire et biaisée», estime Lionel Barrand, même si elle permet de «suivre la dynamique» (avec quelques précautions). D’après le groupe Eurofins Biomnis, qui séquence une partie des échantillons positifs, les capacités d’analyses vont augmenter «très rapidement».
