Voilà une semaine que le monde ne parle que de lui. Malgré des données encore très préliminaires à son sujet, le variant Omicron a déjà généré une multitude d’hypothèses, tant sur sa capacité à échapper à la réponse immunitaire induite par la vaccination ou une infection naturelle, que sur ses conséquences cliniques ou encore sur son origine.
C’est pour examiner les connaissances – et surtout les incertitudes – scientifiques au sujet d’Omicron que l’épidémiologiste Marcel Salathé, président du comité de direction du PNR 78 «Covid-19» du Fonds National Suisse, a invité mardi soir trois experts suisses à le rejoindre dans une discussion audio diffusée en direct sur Twitter. Un format original qui a réuni plus de 1500 auditeurs simultanés, et dont nous vous résumons ci-dessous la teneur.
Hypothèse n°1: Omicron serait encore plus transmissible que Delta
Le nouveau variant est présenté comme fortement contagieux, plus encore que le déjà très contagieux Delta. Mais attention de bien démêler les hypothèses des faits, a rappelé le panel «twitterien» de scientifiques. Les virologues s’attendent à ce qu’Omicron se transmette facilement parce que ce dernier possède un certain nombre de mutations qui ont par le passé conféré une meilleure transmissibilité à d’autres variants. C’est le cas de la mutation D614G par exemple, présente dans les variants Alpha, Bêta, Gamma et Delta.
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Mais pour savoir avec certitude si Omicron est plus transmissible, il faudra attendre les observations épidémiologiques sur le terrain. Le fait que le variant semble se propager rapidement en Afrique du Sud plaide pour cette hypothèse.
«Il faut toutefois rester prudent, a mis en garde l’épidémiologiste de l’Université de Berne Christian Althaus. Le coronavirus avait une faible incidence en Afrique du Sud ces dernières semaines, il est donc possible que ces observations épidémiologiques préliminaires soient dues à des événements aléatoires tels que des situations de super-propagation qui n’auront pas forcément de conséquences à long terme. Il semble qu’une tendance claire se dessine dans la province de Gauteng [où a été identifié Omicron], mais il faut regarder ce qui va se passer ailleurs dans le monde car une seule région ne suffit pas à établir des conclusions.»
Hypothèse n°2: Les vaccins seront moins efficaces contre Omicron
C’est l’une des questions les plus pressantes faisant suite à l’émergence du variant. Avec les avantages sélectifs qu’il a acquis, peut-il désormais échapper à l’immunité vaccinale, même en partie?
«Le fait qu’il existe une certaine immunité en Afrique du Sud exerce une pression de sélection sur le virus», a dit Christian Althaus. Face à cette menace immunitaire, le virus doit muter ou il est condamné à disparaître. En d’autres termes, opposer une pression immunitaire – surtout partielle – sur le virus peut aboutir à la sélection de caractéristiques lui permettant d’y échapper.
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Comme pour la question de la transmissibilité, Omicron possède des mutations déjà identifiées comme conférant des capacités de fuite immunitaire à d’autres variants. C’est le cas de la mutation K417N, déjà aperçue chez le Bêta et le Gamma.
Mais là encore, la prudence est de mise, a rappelé Volker Thiel, virologue spécialiste des coronavirus à l’Université de Berne et membre de la task force scientifique: «La variété des statuts immunitaires, couplée au faible nombre de cas font qu’on ne peut rien affirmer sur le comportement du virus face aux vaccins. Peut-être est-il même moins pathogénique, peut-être que l’immunité des lymphocytes T restera suffisante pour le neutraliser… Ce qu’il faut retenir, c’est que les vaccins actuels sont si efficaces qu’ils vont continuer à nous protéger, au moins en partie. C’est peut-être ce qui fera la différence entre une forme bénigne et une forme sévère, ou entre une forme sévère et la mort.»
Hypothèse n°3: Le coronavirus aurait évolué en variant Omicron par le biais d’un patient immunodéprimé
«Plusieurs pistes sont possibles pour expliquer pourquoi le variant Omicron présente autant de mutations», a affirmé Volker Thiel. L’une d’elles est que le variant Omicron aurait pu émerger à la faveur d’une infection prolongée par le SARS-CoV-2 chez un individu immunodéprimé. La probabilité pour le virus de subir des mutations est en effet d’autant plus importante que celui-ci persiste longtemps dans l’organisme, comme c’est le cas chez les personnes dont les défenses immunitaires sont grandement affaiblies, soit en raison d’un état d’immunodépression résultant d’une infection au VIH, ou lié à la prise de traitements immunosuppresseurs.
Cette piste avait, par ailleurs, déjà été évoquée lors de l’émergence du variant Bêta, lui aussi identifié pour la première fois en Afrique du Sud.
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D’autres facteurs peuvent cependant expliquer l’émergence d’un variant présentant une telle constellation de mutations: «Tout dépend de la pression de sélection qui est appliquée à un virus, a précisé Volker Thiel. En ce moment, le SARS-CoV-2 est confronté à un environnement en constante mutation. Il a commencé à se propager dans une population naïve sur un plan immunologique, désormais il fait face à des personnes vaccinées depuis plus ou moins longtemps, à des individus immunodéprimés, d’autres qui sont guéris… Pour survivre, le virus doit réagir à la sélection qui lui est appliquée.»
Hypothèse n°4: Le variant Omicron générerait des symptômes plus légers
Plusieurs médecins sud-africains ont rapporté ces derniers jours avoir reçu des patients covid souffrant de symptômes légers, ne nécessitant pas d’hospitalisation. S’exprimant auprès de l’Agence France-Presse, Angelique Coetzee, qui est aussi présidente de l’Association médicale sud-africaine, a relaté des signes cliniques inhabituels: «Ce qui les a amenés dans mon cabinet [de Pretoria], c’est une fatigue extrême». La majorité de ses patients étaient jeunes, des hommes âgés de moins de 40 ans, dont un peu moins de la moitié étaient vaccinés. Outre la fatigue, ils souffraient de courbatures, d’une toux sèche ou «d’une gorge qui gratte», a-t-elle détaillé. Seulement quelques-uns avaient une faible fièvre. Des sueurs nocturnes ont également été rapportées dans d’autres cas.
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Tout cela est-il le signe que le variant Omicron entraîne des symptômes bénins, et qu’il deviendrait un virus endémique? Les scientifiques n’en ont aucune certitude. «Il est trop tôt pour tirer des conclusions sur la sévérité d’Omicron car les cas remontent au maximum à quelques semaines, et dans une population jeune», a prévenu Volker Thiel. Les jeunes souffrent en effet bien moins fréquemment des symptômes du covid, et les cas sévères ne se manifestent de toute façon que plusieurs semaines après l’infection initiale, alors qu’Omicron n’a été identifié que tout récemment.
Quant aux voyageurs ayant contracté le variant, il s’agit là aussi d’une population présentant un biais évident puisqu’ils sont généralement jeunes, en bonne santé, et financièrement aisés, a ajouté Emma Hodcroft, épidémiologiste moléculaire à l’Université de Berne et codéveloppeuse du réseau Nextstrain, une plateforme qui suit en temps réel l’évolution de différents pathogènes. «Et quand bien même les symptômes seraient moins sévères, c’est surtout le potentiel de transmissibilité qui est inquiétant, car les chiffres peuvent monter très vite, ce qui pourrait conduire, in fine, à un nombre très important de personnes qui pourraient être hospitalisées et possiblement mourir.»
Hypothèse n°5: Le variant Omicron aurait été présent en Europe avant l’Afrique du sud
Avec déjà plusieurs cas confirmés en Suisse mais aussi dans de nombreux autres pays, le variant Omicron commence à tracer sa route en dehors du continent africain. Mais était-il présent en Europe avant l’Afrique du Sud, comme l’affirment plusieurs médias depuis le 30 novembre?
Les autorités sanitaires néerlandaises ont en effet annoncé avoir retrouvé le variant Omicron dans un test prélevé le 19 novembre, or, on le rappelle, ce dernier avait déjà été détecté le 11 novembre au Botswana puis le 14 novembre en Afrique du Sud.
«Lorsque l’on identifie un nouveau variant, il est possible d’analyser les bases de données génomiques liées au SARS-CoV-2 depuis le début de la pandémie, a précisé Emma Hodcroft. Or on n’y trouve aucune trace d’un variant similaire à Omicron, qui aurait pu atteindre l’Europe ou les Etats-Unis déjà durant l’été. Aucune preuve ne va dans ce sens.»
Comment savoir si quelqu’un est bel est bien porteur du variant Omicron? Il faut savoir que la plupart des tests PCR ne permettent pas de distinguer le variant Omicron du variant Delta. Pour que cela soit possible, les tests doivent être en mesure d’identifier une mutation présente dans le variant Omicron et connue sous le nom de S-gene-drop-out ou S-gene-target-failure (SGFT). Toutefois, cela ne suffit pas toujours, étant donné que le variant Alpha, identifié pour la première fois en Grande-Bretagne ou le variant Bêta, détecté en Afrique du Sud, possèdent également cette mutation.
Comme le variant Alpha ne circule plus de manière active (ce dernier ayant été remplacé par Delta), la présence de SGFT peut suggérer que l’échantillon est bien lié au variant Omicron, mais une confirmation par un séquençage du génome est indispensable, ce qui peut prendre plusieurs jours.
«Il faut être conscient que l’on ne peut pas séquencer tous les tests positifs, seuls un certain pourcentage est soumis à cette procédure, explique Volker Thiel. Il est donc possible que le variant Omicron soit quelque peu passé sous le radar, mais uniquement depuis peu de temps.»
Pour finir, que retenir de tout cela?
«Les gros titres des médias peuvent être effrayants, mais il faut garder en tête que nous ne partons pas de zéro», a rassuré en conclusion Emma Hodcroft avant de rappeler que «nous avons beaucoup appris en deux ans. On sait par exemple que le SARS-CoV-2 se transmet par l’air, ce qui doit nous inciter à prendre des mesures pour rendre les espaces clos plus sûrs».
Volker Thiel a pour sa part affirmé qu’il ne fallait pas céder à la panique car les masques, l’hygiène des mains, les mesures de distanciation et surtout les vaccins demeurent efficaces, quel que soit le variant. «Les marchés doivent cesser de paniquer à la moindre annonce. Nous devons nous habituer aux variants.»
Les auteurs de cet article évacuent une dernière hypothèse: on prononce «Omicrone» et pas «Omicron».
